La primera emisión de la Filuni se llevó a cabo en septiembre de 2017 para crear y ofrecer un espacio a editores universitarios y al público lector universitario y general para encontrar y descubrir las propuestas editoriales universitarias; un espacio pertinente para la promoción de catálogos, autores, y un lugar en el cual sea posible establecer vínculos y acuerdos profesionales en materia de edición, distribución, venta y posicionamiento de la oferta editorial de las instituciones universitarias iberoamericanas, además de una gran diversidad de actividades académicas, artísticas y culturales.

Desde entonces, en cada una de las ediciones de Filuni participa una universidad invitada de honor. La primera fue la Universidad de Salamanca, a la cual siguieron la Universidad Nacional de Colombia, la Universidad de Buenos Aires, la Universidad de Costa Rica conjuntamente con la Universidad Complutense de Madrid, la Universidad de Texas en Austin y la Universidad de la República Uruguay las cuales participaron en 2017, 2018, 2019, 2022, 2023 y 2024, respectivamente.